La natación en el río Sena quedó en el centro de la polémica al punto de ser pospuesta, debido a que la suciedad en sus aguas superaba los niveles permitidos. No obstante, los análisis bacteriológicos posteriores dieron luz verde y permitieron a los triatletas nadar en condiciones aceptables. Este episodio generó preocupación tanto en los deportistas como en los organizadores del evento, quienes estuvieron bajo presión para garantizar la seguridad de los competidores.

“Lamentablemente, fenómenos meteorológicos ajenos a nuestro control, como la lluvia que cayó sobre París los días 26 y 27 de julio, pueden alterar la calidad del agua y obligarnos a posponer la prueba por razones sanitarias. A pesar de la mejora de la calidad del agua en las últimas horas, los valores en algunos puntos del recorrido de natación siguen estando por encima de los límites aceptables”, fue el argumento detrás de las dilaciones.